Ústav využívá pro výzkumné účely přístrojové vybavení získané především díky finanční podpoře výzkumných grantů. Disponuje mimo jiné kapalinovým a plynovým chromatografem, biochemickým analyzátorem, ELIZA reader a dalšími zařízeními a laboratorními přístroji pro analýzy a diagnostiku především v oblasti hodnocení stresové zátěže a welfare zvířat a toxikologie.
Výzkumné aktivity ústavu jsou financovány především z podpory interních grantových agentur (IGA VETUNI, IVA VETUNI) a projektů FRVŠ.