Pedagogická, vědecko-výzkumná, případně další činnost se uskutečňuje v sekcích na ústavech fakulty a v účelových zařízeních fakulty. Sekci řídí vedoucí sekce. Ústav řídí přednosta ústavu. Přednostu ústavu zastupuje zástupce přednosty ústavu. Na ústavech působí profesoři, docenti, odborní asistenti, asistenti a ostatní pracovníci. Ústavy se člení na oddělení.
Sekce biologie, ekologie, chorob volně žijících zvířat, zvěře ryb a včel
Sekce chovu a ochrany zvířat a veřejného veterinárního lékařství
Sekce hygieny a technologie potravin
Fakultní porážka
Ústav dějin veterinárního lékařství 0120