Fakulta veterinární hygieny a ekologie realizuje tvůrčí činnost řešením grantů grantových agentur (zejména Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy;Grantové agentury České republiky;Národní agentury zemědělského výzkumu, Agentury pro zdravotnický výzkum ČR (dříve Interní grantová agentura Ministerstva zdravotnictví;Ministerstva vnitra a Technologické agentury České republiky).
Získávání prostředků na základě tvůrčí činnosti fakulty, zejména z velkých výzkumných projektů, grantů národních grantových agentur, je významnou prioritou, která vede k rozšiřování a zkvalitňování vědecké, výzkumné, inovační a další tvůrčí činnost na fakultě v oblastech veterinární hygieny a ekologie, ochrany zvířat a welfare, bezpečnosti a kvality potravin a zdravotní nezávadnosti a kvality potravin v gastronomii směřující k úspěšnému získávání, řešení a zakončování projektů s uplatnitelnými výstupy a kvalitní tvůrčí činností naplňováním podmínek pro výzkumné fakulty.
FVHE je zapojena do výzkumu CEITEC, který je centrem vědecké excelence v oblasti věd o živé přírodě a pokročilých materiálů a technologií, jehož hlavním posláním je vybudování významného evropského centra vědy a vzdělanosti. Jedná se o projekt, který patří mezi 7 nejprestižnějších projektů v Evropě.
Koordinátorem výzkumného programu na VETUNI je prof. MVDr. RNDr., Petr Hořín, CSc. Na půdě univerzity je vytvořeno 6 výzkumných skupin, z nichž na dvou se podílí pracovníci FVHE:
Zapojení FVHE do projektu přináší univerzitě špičkové přístroje a podstatnou část vědeckého kreditu univerzity.