Fakulta veterinární hygieny a ekologie Veterinární univerzity Brno uskutečňuje vědeckou a výzkumnou činnost a dále činnost odbornou veterinární a hygienickou. Zaměření výzkumu fakulty je zejména v oblasti veterinární hygieny a ekologie, bezpečnosti a kvality potravin, ochrany zvířat a welfare a nezávadnosti a kvality potravin v gastronomii.
Personálně je výzkum na fakultě zabezpečován akademickými pracovníky jednotlivých ústavů, řízen přednosty ústavů a vedoucími sekcí, v rámci výzkumných grantů a projektů je řízen odpovědným koordinátorem a administrativně je v rámci fakulty koordinován proděkanem pro vědu a výzkum.
K financování vědeckovýzkumné činnosti slouží institucionální prostředky přidělované univerzitou na fakultu a dále finance z účelových prostředků státního rozpočtu (granty a projekty) a konečně prostředky specifikovaného výzkumu, které jsou využívány na podporu výzkumné činnosti ve spojení s činností studentů. Významný vědecký potenciál jednotlivých ústavů fakulty, který se podílí na tvorbě a prezentaci výsledků vědy, výzkumu a vývoje, tvoří akademičtí pracovníci spolu s doktorandy.
Vědecké laboratoře na jednotlivých ústavech jsou vybaveny moderní přístrojovou technikou především z poslední doby, takže snesou plné srovnání s obdobnými pracovišti u nás i v zahraničí. Dosažené výsledky jsou na základě toho věrohodné, standardní a srovnatelné.
Realizace výzkumu a vývoje je nezbytnou podmínkou pro hodnocení nejen edukační, ale i celkové tvůrčí činnosti fakulty, které jsou základními předpoklady uznání kreditu a postavení FVHE v rámci evropského systému veterinárního vzdělávání.
