Výzkum na Fakultě veterinární hygieny a ekologie je organizován v sekcích a realizován na jednotlivých sekcích a ústavech fakulty. Vědecko-výzkumná tvůrčí činnosti fakulty je zaměřena především do oblasti veterinárního lékařství a veterinární hygieny.
Fakulta veterinární hygieny a ekologie realizuje tvůrčí činnost z vlastních prostředků (prostředky institucionální podpory výzkumným organizacím, prostředky specifického výzkumu), dále řešením grantů grantových agentur (zejména Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy;Grantové agentury ČR;Národní agentury zemědělského výzkumu, Agentury pro zdravotnický výzkum ČR (dříve Interní grantová agentura Ministerstva zdravotnictví;Ministerstva vnitra a Technologické agentury ČR) a dále z prostředků smluvního výzkumu se zadávajícími organizacemi, institucemi a podniky.
FVHE využívá k vědecké a výzkumné činnosti prostředky institucionální podpory výzkumným organizacím (institucionální výzkum), které získává na základě výše počtu bodů za uznatelné výstupy podle metodiky Rady pro výzkum, vývoj a inovace.
Hlavními směry jsou chemie potravin, mikrobiologie potravin a hygiena a technologie mléka a mléčných výrobků, masa a masných výrobků, dále analýza potravin, hodnocení struktury potravin a kvality potravin rostlinného původu. Výzkum je směřován také do oblasti falšování potravin, surovin a pokrmů živočišného a rostlinného původu.
Tvůrčí činnost fakulty je rovněž směřována do oblasti veterinární a potravinářské legislativy. Dále na simulaci procesů zatěžujících obvyklé podmínky chovu zvířat a jsou sledovány dopady těchto změněných podmínek na parametry zdraví, pohody a užitkovosti zvířat, dále do oblasti toxikologických účinků některých látek využívaných pro produkci surovin živočišného a rostlinného původu a jejich vliv na zdraví a užitkovost hospodářských zvířat, zvířat volně žijících i zvířat zájmových.
Mezi priority institucionální výzkumné činnosti na FVHE stanovené v rámci Interní tvůrčí agentury VETUNI (ITA VETUNI) náleží problematika chorob volně žijících zvířat, problematika ochrany zvířat, welfare a etologie včetně působení stresorů a toxinů na zvířata a problematika zdravotní nezávadnosti, hygieny a kvality potravin.
Vědecké laboratoře na jednotlivých ústavech jsou vybaveny moderní přístrojovou technikou, takže snesou plné srovnání s obdobnými pracovišti u nás i v zahraničí. Dosažené výsledky jsou na základě toho věrohodné, standardní a srovnatelné.
Sekce biologie, ekologie, chorob volně žijících zvířat, zvěře, ryb a včel
Sekce chovu a ochrany zvířat a veřejného veterinárního lékařství
Sekce hygieny a technologie potravin
