Spolupráce FVHE s praxí spočívá v rozšiřování spolupráce s institucemi, organizacemi a podniky a dalšími subjekty, které působí v oblasti veterinární hygieny a ekologie, ochrany zvířat a welfare, bezpečnosti a kvality potravin, zdravotní nezávadnosti a kvality potravin v gastronomii, a to zejména s těmi, které pozitivně ovlivňují další směřování vzdělávání studentů, výzkumu a odborné činnosti v oborech působení fakulty a u nichž rovněž nachází uplatnění absolventi fakulty.
Ústavy FVHE získávají prostředky na výzkum také v rámci tzv. smluvního výzkumu vykonávaného pro instituce, podniky nebo další subjekty.